Заказник: флора

Рельеф Шикотана низко-холмистый, сильно расчлененный. Особое влияние на ландшафты острова оказывает орография, а так же циркуляционные процессы в атмосфере и в прилегающих акваториях. Во всех типах ландшафтов преобладает наиболее устойчивая к влиянию сильных ветров Тихого океана растительность - бамбучниково-луговое разнотравье с примесью ольхи, каменной березы, ели, пихты. 

Растительность о. Шикотан заметно отличается от двух других крупных островов района Кунашир и Итуруп. Лесистость резко снижается, леса занимаю 23% площади острова. Распространены темнохвойные леса, местами каменно-березовые и фрагментарно – лиственничные редины на юго-западе острова. Характерно отсутствие широколиственных пород (дуба, липы, калопонакса, магнолии и др.), а так же кедрового стланика, экологическую нишу последнего занимает можжевельник Саржента. Большая часть территории безлесна, вероятно, в результате вырубок и пожаров в прошлом. Доминирует невысокий, 0,8 м бамбучник. Очень обеднены высокогорный и водно-болотный комплекс видов, но богато представлена скальная флора. Мелкие острова Малой Курильской гряды (Зеленый, Танфильева, Юрий) безлесны, на них преобладает луговая и болотная травяно-кустарниковая растительность.

Видовое разнообразие сосудистых растений на территории заказника следующее:
- на о. Шикотан произрастают 668 видов, 43 из которых не встречается на о. Кунашир; 11 видов занесено
в красную книгу РФ;
- на о. Юрий - 183 вида, из них 2-х нет на Кунашире;
- на о. Полонского – 99 видов, из них 7 нет на Кунашире;
- на о. Зеленый – 169 видов, из них 20 нет на Кунашире;
- на о. Танфильева – 135 видов, из них 9 нет на Кунашире;
- на о. Анучина – 80 видов, из них 7 нет на Кунашире;

Лишайников на Шикотане описано 44 вида.

В Красную книгу РФ внесено
11 видов сосудистых растений:
мекодиум Райта (Mecodium wrightii),
можжевельник Саржента (Juniperus sargentii),
тис остроконечный (Taxus cuspidata),
аралия сердцевидная (Aralia cordata),
венерин башмачок крупноцветковый (Cypripedium macranthon),
гастродия высокая (пузатка высокая) (Gastrodia elata),
калопанакс семилопастный (Kalopanax septemlobus),
касатик мечевидный (Iris ensata),
мятлик шероховатый (Poa radula),
неоттианте клобучковая (Neottianthe cucullata),
пион обратнояйцевидный (Paeonia obovata )

2 вида мха:
дозия японская (Dozya japonica),
плагиотециум тупейший (Plagiothecium obtusissimum Broth.)